Theo sách Khâm định Việt sử Thông giám cương mục, Đại Nam thực lục, Việt Nam sử lược: Gia đình ông Hồ Phi Phúc ở thôn Tây Sơn, huyện Phù Ly, phủ Quy Nhơn; Hồ Phi Phúc có ba người con trai trưởng là Nguyễn Nhạc, thứ hai là Nguyễn Huệ và thứ ba là Nguyễn Lữ. Tổ tiên ba anh em là người huyện Hưng Nguyên, xứ Nghệ An, khoảng năm Thịnh Đức (1653–1657) thời Lê Thần Tông, bị quân Chúa Nguyễn bắt được đem về, cho ở tại huyện Tuy Viễn thuộc phủ Hoài Nhân, kế tiếp vài đời, đến Nguyễn Nhạc được giữ chức Biện lại ở tuần Vân Đồn.[1][2]

Theo sách Lịch sử nội chiến Việt Nam từ 1771 đến 1802, tổ tiên Nhà Tây Sơn vốn là họ Hồ ở huyện Hưng Nguyên, tỉnh Nghệ An, dòng dõi Hồ Quý Ly,[3] bị quân của chúa Nguyễn bắt vào miền Nam khi quân Nguyễn vượt Lũy Thầy đánh ra đất Lê – Trịnh tới Nghệ An (1655-1661). Ông cố (cụ nội) của Nguyễn Huệ tên là Hồ Phi Long (vào giúp việc cho nhà họ Đinh ở thôn Bằng Châu, huyện Tuy Viễn, tức An Nhơn) cưới vợ họ Đinh và sinh được một trai tên là Hồ Phi Tiễn. Hồ Phi Tiễn không theo việc nông mà bỏ đi buôn trầu ở ấp Tây Sơn, cưới vợ và định cư tại đó. Vợ của Hồ Phi Tiễn là Nguyễn Thị Đồng, con gái duy nhất của một phú thương đất Phú Lạc, do đó họ đổi họ của con cái mình từ họ Hồ sang họ Nguyễn của mẹ.[4] Người con là Nguyễn Phi Phúc cũng chuyên nghề buôn trầu và làm ăn phát đạt. Cũng có tài liệu cho rằng họ Hồ đã đổi theo họ Chúa Nguyễn ngay từ khi mới vào Nam.[3][4][5]

Không rõ Nguyễn Phi Phúc mất năm nào. Sau khi chết, ông được cho là được an táng tại quê nhà.